Estas Historias de la Historia de la Iglesia incluyen también diversos temas polémicos, como el mito de la tolerancia musulmana en España, el comportamiento de Pío XII con los judíos, la legendaria Papisa Juana o el asesinato de Ellacuría, entre otros. A lo largo del libro, se muestran de forma clara las luces y las sombras de los temas tratados, puesto que ambas están necesariamente presentes en la Iglesia, que lleva su tesoro en vasos de barro.
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